Les origines de cet imposant sanctuaire remontent au moins au début du xi^e siècle, comme l'atteste sa mention dans l'acte dedonation fait par le duc d'Aquitaine Geoffroy Martel à l'abbaye aux dames de Saintes, en 10472.

Après les affres de la longue guerre de Cent Ans, l'édifice est entièrement reconstruit entre le milieu du xiv^e siècle et le xv^e siècledans le style gothique flamboyant. Son clocher-porche date de cette époque et témoigne de la splendeur de l'église et de la richesse de la ville à cette époque.

Durant les guerres de religion, l'église sert de citadelle aux catholiques, assiégés par des troupes protestantes3, mais, à la fin du conflit inter-religieux, l'édifice est totalement ruiné. Seul le clocher est préservé. Les vestiges de l'ancienne église sont démolis en1600. Les travaux de reconstruction débutent deux ans plus tard : ils dureront jusqu'en 1776.

L'édifice actuel, de style classique, est formé d'une nef unique de cinq travées, bordée de chapelles latérales surmontées de tribunes avec balustrades. La nef est prolongée par un chœur de deux travées, éclairé de profondes baies pourvues de vitraux auxix^e siècle. Les fresques, endommagées, datent également de cette période4. Les voûtes, réalisées au xviii^e siècle sont en anse de panier.

À l'intérieur se trouvent plusieurs ex-voto d'inspiration marine, une statuaire constituée entre le xviii^e siècle et le xx^e siècle ainsi qu'un orgue de chœur datant du xviii^e siècle. Cet instrument, toujours en état de marche, a été classé aux monuments historiquesen 1986. L'église fut siège d'archiprêtré : la liste des titulaires de cette charge se trouve à l'entrée du sanctuaire.

L'élément le plus remarquable de l'église est son clocher, visible des kilomètres à la ronde, et dont les dimensions s'expliquent par la nécessité de servir d'amer. Il s'apparente à la flèche de la basilique Saint-Eutrope de Saintes.

L'église est classée monument historique depuis 18405, grâce aux soins avisés de Prosper Mérimée, alors Inspecteur des monuments historiques pendant la Monarchie de Juillet6.

Le clocher de l'église Saint-Pierre, avec une hauteur impressionnante de 85 mètres et accessible par 289 marches, a également la particularité d'être le plus élevé de tous les édifices religieux du département de la Charente-Maritime. Il est non seulement l'emblème de la ville de Marennes, mais l'un des monuments historiques les plus visités de la cité.